Don Mariano Felipe Paz Soldan en su diccionario estadístico refiere que el panteón de la Apacheta se empezó a construir en el año de 1826 y su inauguración fue siete años después es decir en 1833 con el entierro de los restos del héroe arequipeño Don Mariano Melgar.
La bendición del cementerio la efectuó el Obispo de Arequipa Don José Sebastián de Goyeneche en una capilla provisional que se levanto para la ceremonia, hoy en día se ubica allí el Pozo de Agua.
Inicialmente se designó un área específica para protestantes, separado inclusive con un ingreso independiente, hoy llamado el Laico, de igual forma se designo un área para las personas que se suicidaban y que según la religión, estas personas no eran aceptadas por la ley de dios, hoy denominado cementerio civil.
Actualmente el Cementerio cuenta con una capilla construida de material noble y es el eje central y principal del cementerio en cuyo sótano se ha construido un osario para los cadáveres exhumados; con 4 sectores de tumbas, 190 pabellones construidos para adultos y 10 pabellones construidos para párvulos, y 1017 terrenos lotizados para mausoleos.
Actualmente se brinda los servicios de sepelios de caridad para todas las personas que no tienen recursos económicos y familiares, se caracteriza por la distribución estratégica de sus pabellones, mausoleos y tumbas, el ingreso principal del cementerio esta cercado por hermosos cipreses verdes.
Personajes ilustres de Arequipa
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Sra. Josefa de la Fuente de Bolognesi (esposa de Francisco Bolognesi)
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Sr. Juan Rodríguez (constructor del Puente Grau, iglesias entre otros.)
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Sr. Edilberto Gallegos Basurco (fundador del Club Melgar)
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Sr. Jacobo Dickson hunter
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Sra. María Santos Corrales Vda. De Amat de León (Silvia)
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Sr. Pedro P. Díaz
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Sr. Neptalí Valderrama Ampuero
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Sr. Horacio Zeballos Gámez
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Sr. Juan Manuel Polar Ugarteche
Y muchas más personalidades ilustres de Arequipa.
La Sociedad de Beneficencia Pública de Arequipa ha visto por conveniente hacer una serie de trabajos en beneficio de los cientos de visitantes que acuden diariamente al Cementerio, y desde el mes de agosto se esta realizando la limpieza general del cementerio, se está refaccionando los pasadizos y veredas, el pintado de todos los pabellones, el labrados del pasto en todas las áreas verdes así como el arreglo de los jardines, el mantenimiento de las sombrillas en el pabellón de San Isidro.
Se esta refaccionando las tuberías de todo el sistema de regadío, para un mejor control y ahorro del recurso hídrico, por otro lado se esta colocando y pintando todos los basureros de tal forma que el público usuario tenga acceso a este servicio y poder mantener limpio el campo santo, se esta pintando y colocando letreros de ubicación para que las personas puedan llegar con facilidad donde su difunto, también se esta pintando los árboles y se está recogiendo los escombros para evitar el polvo.
La vigilancia y todo el personal que se encuentre laborando en el Cementerio General de la Apacheta estarán debidamente uniformados, y el público usuario podrá identificar y hacer cualquier consulta que vea por conveniente.
Las personas que deseen ir en su vehículo con toda la familia a visitar a sus deudos al Cementerio, la Beneficencia Pública de Arequipa, ha visto por conveniente habilitar una playa de estacionamiento que se ubica en la parte posterior, con capacidad para 60 vehículos y contara con vigilancia para brindar la seguridad y garantizar su estancia con la familia durante su permanencia en el Campo Santo.