La Sociedad de Beneficencia de Arequipa es creada el 28 de octubre del año 1848, fue instalada el primero de diciembre del mismo año con el nombre de Junta de Beneficencia Departamental de Arequipa, durante el período republicano del primer gobierno de Don Ramón Castilla (1845 – 1851).

En sus inicios la Junta de Beneficencia Departamental de Arequipa fue concebida para atender, en general, a la gente más necesitada de la región para cuya misión se le entregó la administración de Instituciones que ya efectuaban labores sociales y benéficas en forma aislada tales como el Hospital San Juan de Dios, el Orfelinato Chaves de la Rosa, la Escuela de Primeras Letras, el Cementerio General de la Apacheta y el Balneario de Jesús.

Gracias al apoyo brindado en el segundo Gobierno de Ramón Castilla (1858-1862) se logró consolidar la institución, creada principalmente para canalizar todas las acciones gubernamentales orientadas a atender las necesidades de la población que carece de recursos y que vive en abandono, por ello a partir de esa fecha obtiene una nueva denominación: Sociedad de Beneficencia de Arequipa.

El proceso de crecimiento de la Institución se desarrollo durante un largo periodo comprendido desde 1900 hasta 1985, durante estos años la Entidad Benéfica logro añadirle a su rol de ayuda social un papel de generador de recursos. En sentido se implementaron programas productivos como la Planta Embotelladora de agua de Jesús, la lotería de Arequipa, el Hotel presidente (hoy hotel Arequipa), una imprenta, así como el alquiler de inmuebles. 

Como resultado de los grandes esfuerzos de recaudación económica, a través de la prestación de diversos servicios, se logró incrementar la cobertura de apoyo social a través de los diferentes Centros de Atención Residencial CAR Chaves de la Rosa, CAR Mixto el Buen Jesús, CAR Las Mercedes Ex Chilpinilla, El Refugio temporal Hogar de María y el Hospedaje el Buen Samaritano.